現在、プレイ中の者です。
確かにジョブの1つを極めても、転職するとスキルが使えないデメリットはありますが、使わないジョブでも成長盤を手に入れたなら積極的に使っていくといいと思います。
また、ストーリーを進めるごとに魔法に特化した敵や物理攻撃が非常に高い敵も現れます。敵の特徴に合わせてジョブを変えていくと、戦いやすくなります。
特に自分も苦戦を強いられた「勇者の墓」では、前作「ドラゴンシンカー」に登場する勇者の王族一行4名やエルフ一行4名、ドワーフ一行4名と、その前に勇者代表1名ずつと戦う、全部で6戦行うことが出来る場所もあります。
ストーリーには直接関わりませんが、強い武器等が手に入るので是非ともやりたいところです。レベルが高ければ余裕を持って戦えますが、レベル50代でも1人が戦闘不能になることがザラにあります。そんな時にジョブを考えて組む事で、有意に戦闘を進めることができます。
よって、スキルが引き継がれないデメリットはありますが、ジョブそれぞれの特徴を見極め、敵の特徴に対抗できるジョブ選択をする事で円滑な冒険が出来るのです。
また、サブミッションにより手に入る新しいジョブもあるので、キャラのステータスに合わせてジョブを変えたり、アイテムの売買に影響を及ぼすジョブもあるので、是非使って有意義な冒険にしていくのも、いいと思います。