まだ私も途中ですが触った感じで大分解った事があるので回答(と言うより所感?)をさせていただきます。
まず途中参加のパーティメンバーは既にいたメンバーのレベルに合うように(最大値か最小値かは不明)なっていて、そのままだとスキルのポイントが割り振られていませんでした。
なので全て同じ段になるように上から上げていったら最後の技を上げた時点で一気にスキルを覚えたので考えられるのは
1,作中言っていたように満遍なく上げないと殆ど覚えない
2,技の段が殆どのスキルの習得に関係している
のどちらかではないかと思います
恐らくは極振りすると覚えないスキルもあると思うのでやるなら全てのスキルを覚えた後の方がいいかもしれません
余談ですがスキルを半分覚えた時点でトロフィーが取れたので、全てのスキルを覚えたらまた他のトロフィーもあると思うのでスキルコンプリートのトロフィーが取れたら曲振り開始するのが現状ベストかと