Question

クリア後でのデータをもう一度NEW GAMEですることはできないのでしょうか？やるとしたらもう一度初めからなのでしょうか？

Answer 1

クリアというのがどこの時点でのことがによりますが、
初めてメインストーリーのラスボスを倒した状態でセーブしたデータならば、そのままそのデータをロードすれば裏ボスのストーリーへ進みます。

仰っているのがクリアしたデータのステータスを引き継いで、新しくストーリーを開始するというのであれば、それはできないと思います。